Situada dins el cràter del volcà de Santa Margarida, ja que segons la tradició en aquest indret fou descoberta la imatge d'aquesta santa màrtir del segle III.

El temple va ser edificat en el segle XII, si bé no apareix documentat fins l'any 1403, quan Bernat de  Terrada, rector de Sant Miquel de la Cot, parròquia a la que pertany el temple de Santa Margarida, va deixar-li 10 sous en el seu testament.

En 1436 es va haver de restaurar el temple després d'haver patir seriosos desperfectes ens els terratrèmols de 1427 i 1428.

Durant els segles XVI i XVII va ser necessari fer-hi algunes restauracions, per tal de poder seguir oferint el culte en condicions.

El temple és de senzilla factura, seguint la tipologia dels temples rurals de la zona, amb una sola nau, capçada a l'est per un absis semicircular. Només una petita finestra, situada en el mur sud, prop de la capçalera, il·lumina el temple.

La porta d'accés es situa en el mur oest.