L'església de Santa Margarida era una possessió de la seu de Girona. Va ser modificada profundament entre els segles XVII i XVIII, amb la construcció de quatre capelles laterals i una nova façana.

Del temple original només es conserva un petit fragment del mur de llevant i la torre de campanar. 

Té planta quadrada i està adossada al mur nord del temple. En els dos pisos superiors s'obren dues finestres de mig punt geminades en cadascun dels murs.  

En 1983 es va restaurar el campanar, potser en excés, i es van obrir les finestres, que havien estat cegades.