L'any 859, en un precepte del rei Carles el Calb es confirmava la possessió del vilar de Saldet al un tal Oriol. L'església de Santa Eugènia no apareix en cap document fins l'any 1094, en un document de donacions de terres al monestir de Santa Maria de Roses. Algunes d'aquestes terres estaven dins el terme de la parroquial de Saldet.

El temple es troba prop del riu Fluvià. Des de molt antic la tramuntana s'ha encarregat d'anar fent aportacions de terra procedent de la riba del riu en aquest indret, fent que en l'actualitat el temple estigui parcialment soterrat i per això ens dóna la sensació, des de l'exterior, de ser un temple molt baix.

L'església té una sola nau. capçada a l'est per un absis semicircular, en el que s'hi obre una gran finestra en la part central i una de més petita en el sector nord.

Una pedra en forma de mitja bola, no sé si per atzar o per voluntat del constructor, decora la part interna de l'arc de la finestra absidal.

La nau està coberta amb una volta de canó reforçada per un arc toral de perfil apuntat. Precisament a partir d'aquest arc i fins l'absis la volta està lleugerament apuntada. Una petita finestra apuntada en el mur sud il·lumina el presbiteri.

A meitats del segle XIX, la nau fou allargada per ponent per tal de poder-hi allotjar un cor. En aquest sector afegit, es va construir un campanar de cadireta d'un sol ull. Posteriorment se'n va construir un altre de dos ulls sobre l'absis.

La porta d'accés la trobem en el mur sud. En aquest punt es fa visible l'augment del nivell del terra actual respecte al del segle XII. La porta està mig soterrada i cal baixar sis graons per arribar al nivell del sòl de l'església.  Està formada per dos arcs de mig punt en gradació, que envolten una llinda i un timpà llis.