L'any 1022 és va consagrar l'església. És l'edifici més important del monestir. Situada al nord del claustre. Disposa de 3 naus, cobertes amb volta de canó i transsepte on s'obren dues absidioles. L'absis central té un deambulatori de dos pisos, tenint la mateixa amplada que les tres naus del temple. En l'actualitat els tres arcs de la part central del deambulatori han estat substituïts per un únic arc, en una més que discutida restauració.

Sota aquest absis podem trobar una cripta. La seva volta és anular i es recolza en una columna central. Algunes fonts apunten que el mur que envolta la columna podria ser l'absis d'una primitiva edificació.

El fet més destacat de l'església és el seu sistema de pilars, arcs i voltes. Aquest tipus de construcció és únic a Catalunya i fins al moment no s'han trobat paral·lelismes directes amb edificis de l'època. Consisteix en un doble nivell de columnes que suporten els pis de arcs torals de la nau, més propers a l'absis, i en un únic tram de columnes que suporten els arcs formers. Tots ells arrenquen d'un alt podi.

Els capitells tenen diferents influències, però es poden dividir en dos grans grups, tots ells decorats. Els inferiors de la nau central són de tipus corinti clàssic. Els altres, situats a les columnes superiors, són de tipus cúbic.

Al creuer esquerre hi ha dues obertures: una dóna a la sagristria i l'altra a una escala de cargol de 56 esglaons que condueix a una capella que rep el nom de Sant Miquel. És tracta d'una estança dels segles X-XI que s'alça sobre el creuer i l'absidiola esquerra. Té volta de canó i un absis semicircular. Damunt ella s'alça la torre del mateix nom.

En alguns punts del deambulatori encara es conserven restes de pintures murals datades entre els segles XI i XIII.

A l'església, en els anys de jubileu, s'hi accedia per la porta principal que disposava d'un atri i una bella portalada decorada per escultures del mestre Cabestany.