Dominant la badia del Port de la Selva, està situat a mig vessant de la muntanya de Verdera, al cim de la qual hi ha les restes de l'antic castell de Sant Salvador de Verdera. Prop del monestir també podem trobar les restes del poblat medieval de la Santa Creu de Rodes, vinculat a l'antic monestir i del que destaca l'església pre-romànica de Santa Elena.

Els orígens d'aquest monestir són confosos i ara mateix resulta difícil decidir quin va ser el primer moment en que va haver una edificació religiosa en aquest indret. Hi ha moltes hipòtesis i llegendes fonamentades pel fet de no disposar de documents que puguin oferir més llum sobre el tema. Una d'aquestes hipòtesis fins i tot es remunta a l'època romana, on podia haver existit un edifici religiós en la zona. Per altra banda, una altra llegenda ens diu que quan la ciutat de Roma estava a punt de ser saquejada, uns monjos van marxar en diferents barques amb les relíquies més preuades. Entre elles es trobaven el cap i una mà de Sant Pere, que l'atzar va fer que arribessin la costa del Cap de Creus. Els monjos van amagar-los en una cova. Anys més tard no les van trobar, ja que havien quedat amagades per la vegetació i no recordaven el lloc exacte on les havien enterrat. Per aquest motiu van decidir aixecar una petita capella en honor a les relíquies de Sant Pere.

Les primeres notícies documentades són del 878, quan es fa referència a una cel·la monàstica vinculada a Sant Esteve de Banyoles. Durant alguns anys va haver disputes per la seva tutela per part del mateix monestir de Banyoles, el de Sant Policarp de Rasés i la Seu de Girona, que provisionalment n'aconseguí la tutela l'any 899. L'any 962 però, el monestir inicia la seva època d'esplendor gràcies a la seva independència i al liderat del primer abat Hidelsind, fill de Tassi. El monestir passa a dependre directament de la Seu de Roma, el qual li va proporcionar més prestigi i en conseqüència un augment considerable  de les seves possessions.

L'any 1022 és consagrada l'església. És l'edifici més important i característic del monestir. És un edifici digne de les relíquies que custodiava, entre les que es trobava un fragment del Lignum Crucis. És per aquest motiu que es va convertir en un centre de pelegrinatge amb les mateixes indulgències que la visita a Roma o Compostel·la.

El monestir té la particularitat de comptar amb dos claustres. El més antic es va construir en el segle segle XI. El monestir visqué una etapa d'esplendor, que va fer necessària l'ampliació de les dependències monacals. Per fer aquesta ampliació es va decidir colgar amb terra part del claustre i se'n va construir un de nou just al seu damunt, però de majors dimensions.

També destaquen les dues torres que té el monestir. La del costat de l'església és contemporània al temple. El darrer pis, amb finestres geminades pis foren incorporades amb posterioritat. Era utilitzada com a campanar. L'altre en canvi es va iniciar la seva construcció cap el segle X i es tracta d'una torre de defensa, coronada posteriorment amb una espadanya.

En les finestres geminades del campanar trobem alguns dels seus capitells mensuliformes esculpits en el segle XII. Destaquen una fulla d'acant, un animal assegut frontalment, una sirena de doble cua i un cap humà amb barba. 

A partir del segle XVII el monestir entra en una època de decadència i va patir nombrosos saquejos. És per aquest motiu que s'han perdut gran part de les dependències monacals. Una de les estances millor conservades és el refetor, situat en l'ala sud del claustre. En l'actualitat es projecta un audiovisual en l'estança, el que impedeix poder-lo contemplar. Per sort, en la meva darrera visita al monestir, la projecció no funcionava i vaig poder fotografiar-lo.

Les dependències de l'ala est es van enrunar pràcticament en la seva totalitat. Allí es trobaven la sala capitular, la bibiloteca i l'scriptorium. D'eles només es van conservar els murs perimetrals, alguns d'ells fets amb opus spicatum.

Posteriorment es van construir dos pisos d'estances per sobre del claustre, de les que també només han arribat fins als nostres dies els seus murs perimetrals, coronats amb merlets i amb grans finestrals.

Recentment s'han obert al públic les antigues bodegues, construïdes entre els segles XVII i XVIII. Els dos pisos superiors, reconstruïts modernament, eren destinats a magatzem i a les estances dels pagesos i criats. Actualment és l'espai destinat a l'entrada al recinte i a la botiga de records.

Degut a la seva situació, les guerres amb França també el perjudicaren considerablement. L'any 1708 el duc de Noailles s'emportà la famosa Bíblia, que ara es pot consultar a la Biblioteca Nacional de París. L'any 1935 la Generalitat de Catalunya inicia la restauració. El 1973 s'inicia una segona etapa de restauracions que han dotat al monestir de l'aspecte actual. A continuació es poden veure unes imatges prèvies a aquestes restauracions.

A continuació trobareu un mapa interactiu del monestir des d'on podreu accedir a les diferents estances del conjunt monàstic.