A banda del monumental pont sobre el riu Fluvià, un altre dels monuments que destaquen és l'antic monestir benedictí de Sant Pere

Va ser fundat l'any 977 i es va posar sota el patrocini de la Santa Seu i per tant va gaudir de certs privilegis, com custodiar les relíquies dels màrtirs Sant Prim i Sant Felicià. L'any 1003 es va consagrar l'església. Quan el comtat va passar a dependre del de Barcelona, el monestir va viure el seu moment de màxima esplendor, ja que en absència del comte, l'abat era la personalitat amb més autoritat a la vila.

A partir del segle XV el monestir comença a entrar en decadència. Aquesta s'agreujarà amb la guerra del Francés, moment en que es destruirà el claustre. Amb la desamortització de l'any 1835 va provocar que s'abandonés el monestir fins l'any 1908. Durant la guerra civil es va cremar part del mobiliari i de les pintures del segle XVIII, així com algunes escultures.

Avui en dia només queda en peu l'església i algunes dependències posteriors. Té planta basilical amb tres naus, creuer, deambulatori ricament decorat i un únic absis de grans dimensions.

Aquest està decorat exteriorment amb arcs cecs i un fris de dents de serra. Els arcs estan acabats amb diferents elements esculpits com caps humans i d'animals, motius vegetals i geomètrics.

La nau central està coberta amb una volta de canó, mentre que les laterals tenen volta de quart de cercle.

El deambulatori és l'element més destacat del temple.

Està format per quatre parells de columnes. Els seus capitells estan ricament decorats amb motius vegetals, animals i escenes de l'infantessa de Jesús, com l'Epifania. En la Setmana Santa del 2007, coincidint amb la celebració del Dijous Sant, vaig poder accedir a l'interior del temple. Malauradament un defecte en el funcionament del meu trípode va fer que la qualitat d'algunes de les fotos dels capitells no sigui la desitjada. Espero poder tornar a Besalú ben aviat i repetir les fotografies amb un trípode nou.    

La volta de la capella major està decorada amb dos frisos de dents de serra, entre els que hi ha un fris d'arcs cecs.

La façana principal sobta per la seva austeritat. Té un portal molt senzill amb dues fines columnes, on es recolza una arquivolta esculpida amb un motiu trenat. Els seus capitells estan esculpits amb motius vegetals, sobre els que hi ha un quadrúpede.

El que més destaca és el finestral que hi ha a la part alta de la façana.

Té dues arquivoltes decorades amb motius vegetals i geomètrics de molt bella factura. Destaquen els caps humans i animals que decoren l'arc exterior. Les arquivoltes estan sostingudes per columnes amb capitells decorats amb motius vegetals i animals de tradició rossellonesa.

En el capitell exterior esquerre podem veure caps de lleons, que devoren a les seves preses, de les que només veiem les potes. En el de més a la dreta veiem uns grius, als que un lleó mossega les ales. Els capitells interiors són de tipus vegetal, on veiem alguns caps d'animals.

Flanquejant la finestra podem trobar dos lleons amb un aspecte esfereïdor, mostrant-nos les seves dents, i que han estat recentment restaurats.