En 1063 es va cedir l'església de Sant Pere de Cercada al monestir de Sant Marçal de Montseny, per tal que es fundés en ella una canònica benedictina. Això no es va arribar a concretar, per l'oposició del monestir de Sant Salvador de Breda i per la decadència en que entrà el monestir de Sant Marçal. En 1136 la família dels Vilademany va patrocinar la creació d'una nova canònica en aquest cas agustiniana.

A partir del segle XV comença la decadència de la canònica, que s'agreujà a finals del segle XVI, quan es va secularitzar.

L'església que ens ha arribat data de finals del segle XII, construïda sobre un temple anterior i consagrada en 1245 pel bisbe de Girona, Guillem de Cabanelles. 

El temple té planta de creu llatina, amb una sola nau. En el transsepte s'obren tres absis semicirculars llisos i amb una finestra de mig punt i de doble esqueixada.

La nau i el transsepte estan cobertes amb volta de canó. En la seva intersecció hi ha una cúpula sobre trompes, que es transforma a l'exterior en un cimbori octogonal, en el que s'obren tres ulls de bou.

En el mur oest podem trobar la porta d'accés. Està formada per tres arquivoltes de mig punt i en gradació que envolten una llinda i un timpà llisos.

Els arcs estan recolzats en dues parelles de columnes, amb els capitells esculpits. Aquests són una reproducció dels originals, que es conserven a la sagristia de la parròquia de Santa Coloma de Farners. Representen palmetes. pinyes, entrellaçats i caps humans, ja en estil gòtic. En un dels capitells es pot veure una inscripció en que s'explica que un canonge havia deixat rendes a la canònica per a que sempre cremés una llàntia en l'altar de Sant Pere.

Les bases de les columnes també estan esculpides amb petits caps d'animals en els angles.

Sobre la portalada trobem una finestra, decorada amb tres arcs de mig punt en gradació esculpits.

De la resta de dependències canonicals només s'ha conservat la porta d'accés al recinte. Les cases que podem veure en l'actualitat es van construir aprofitant alguns dels elements del priorat.

Entre els edificis es pot veure l'antiga pila baptismal, de factura molt senzilla, que fa les funcions de test.

Del claustre no ens ha arribat cap vestigi. Es creu que estava adossat al mur sud del temple, en el que podem trobar algunes làpides sepulcrals. També es poden veure els forats on anaven col·locades les bigues que sostenien l'estructura del claustre. Aquest espai es comunicava amb el temple per una senzilla porta oberta en el mur oest del transsepte. En el braç nord trobem una altra porta, de similars característiques, reoberta durant la darrera restauració.