Les primeres notícies que ens han arribat d'aquest temple les hem de buscar en l'any 898. Posteriorment, en l'any 1064 es va refer el temple, que un segle més tard va ser cedit a l'abat de Sant Joan de les Abadesses, per a que hi fundés una comunitat de monges, cosa que no es va arribar a fer fins 1164. En aquest moment es va crear una canònica d'agustinians

A mitjans del segle XV la canònica entra en decadència, fins que en 1581 es va acabar dissolent. L'edifici passà a mans dels jesuïtes, que van construir la majoria de les dependències que podem veure en l'actualitat, entre elles el temple barroc actual. En ser expulsats els jesuïtes, es va convertir en la seu del seminari. Posteriorment es va fer servir com a caserna i com a presó. Actualment part de l'edifici forma part de les dependències de la Universitat de Girona.

Del temple del segle XI es conserva la base de la torre de campanar, on encara es conserva un fris d'arcs cecs en cadascun dels seus murs.