El primer document que trobem on apareix citada la parròquia de Tregurà, és una còpia, realitzada en  1354, d'un document fals de l'any 955, en el que el comte de Besalú va concedir als habitants de la zona la potestat de ser el únics que podien pasturar els ramats en la zona. Uns anys més tarda, en el 978, el comte i bisbe Miró de Besalú va donar al monestir de Sant Pere de Besalú els drets de pastura del terme de Sant Julià de Tregurà. En 1194 el monestir de Sant Joan de les abadesses va comprar els drets sobre el lloc.

L'església va ser reformada en el segle XVIII, quan es va substituir la capçalera original per un presbiteri quadrat.

També es va reformar el sector de ponent, en el segle XIX, quan es va construir la gran torre de campanar.

Del temple romànic encara es conserven els murs laterals de la nau i la seva volta de canó, fets amb filades de carreus poc regulars. A la nau es van afegir capelles laterals al llarg dels segles.

Des de l'interior de l'església encara es pot veure l'antiga porta romànica, situada en el mur sud.