Des de meitats del segle IX ja tenim notícies d'una cel·la monàstica depenent de Sant Esteve de Banyoles. També eren possessió d'aquest cenobi altres petites cel·les situades a la serra de Rodes: Sant Pere, San Fruitós i San Cebrià de Penida. L'abadia occitana de Sant Policarp de Rasès va reclamar la possessió d'aquestes cel·les, provocant diversos litigis amb el cenobi banyolí. Es creu que aquestes quatre cel·les van recuperar la vida monàstica pels volts de l'any 780 gràcies a l'acció de l'abat Atalà, que provenia del sud i que dos anys més tard va fundar el monestir de Sant Policarp. Per aquest motiu aquest cenobi en reclamava la seva dependència. A principis del segle X, com a fruit de la conversió de la cel·la de Sant Pere en abadia molt poderosa, passà a dependre d'aquesta. Els litigis aleshores es van produir entre Sant Esteve de Banyoles i Sant Pere de Rodes.  La gran influència que aconseguí en pocs anys l'abadia empordanesa, va obligar a cedir en les seves pretensions al monestir de Banyoles.

No està clar en quin moment es va abandonar la vida monàstica i es va convertir en parròquia, condició que va mantenir fins l'onze de setembre de 1596. A partir d'aquest moment va passar a dependre de Santa Maria de Castelló. Amb el temps es va convertir en santuari, en el que es celebra un aplec el 29 d'agost.

Es va restaurar a meitats del segle XX, doncs havia perdut la coberta i els murs estaven molt malmesos.

L'església ha patit nombroses modificacions, ocultant pràcticament per complert l'empremta pre-romànica i romànica. Té una sola nau, capçada a l'est per un absis rectangular, que sembla conservar el perímetre i probablement els murs originals.

Aquests estan totalment arrebossats, el que en fa impossible la seva datació o estudi. La coberta i la part superior dels murs corresponen a la reconstrucció realitzada després de la Guerra Civil. Els fragments dels murs corresponents a aquesta  reconstrucció són molt més prims que els de la part inferior. El mur oest va ser reformat entre els segles XVII i XVIII. Malauradament, el seu aspecte és lamentable i no reflecteix en absolut el seu passat mil·lenari.

En 1969 es va descobrir una petita mostra de marbre blanc esculpida en l'interior del temple. Per evitar el seu espoli es va retirar del mur sud, on havia estat recol·locada com a simple material constructiu, i es va traslladar al Museu d'Art de Girona. En una de les seves cares es van esculpir diversos motius en dos registres. En el superior, més gran, està representada l'escena del Pecat Original, tot i que molt erosionada. En el registre interior només veiem el cap de tres personatges, que algunes fonts identifiquen amb els Tres Reis Mags i per tant es tractaria d'una Epifania. Aquest fragment de marbre correspon a un sepulcre paleocristià, probablement del segle IV. Això planteja un dubte al voltant dels seus orígens. El temple "revitalitzat" per l'abat Atalà era d'origen paleocristià?  o bé es tracta d'un element portat d'algun mausoleu proper o bé de la propera vila romana de Rodhe? Un misteri que de moment no té resposta.