No està clar que aquest temple fos realment en un document de l'any 974 i que era una possessió de Sant Pere de Rodes. El fet que no s'hagi trobat cap altre temple amb aquesta advocació a la zona, així com el fet  de no conèixer amb certesa l'advocació d'aquest edifici fa que hom hagi interpretat que ens trobem davant l'església de Sant Genís del Terrer.

L'any 1091 es va celebrar un judici entre els abats de Sant Esteve de Banyoles i de Sant Pere de Rodes, per la possessió de diverses esglésies del comtat de Peralada, entre les que es trobava la de Sant Genís. La sentència va ser favorable al cenobi empordanès.

L'església actualment està en runes. El Grup d'Art i Treball del Centre Excursionista Empordanès i la Diputació de Girona van efectuar diverses campanyes de neteja i consolidació del monument, una intervenció que en alguns elements potser és excessiva i desvirtua les restes.

Estava formada per una sola nau, capçada a l'est per un absis amb planta de ferradura, característic de la segona meitat del segle X. Aquest encara es manté en peu i conserva la seva volta semicircular. En la part inferior es poden observar diverses filades fetes amb opus spicatum.

Té dues finestres, una al centre i l'altre cap al sud, d'un sol biaix i amb l'arc de mig punt tallat en una sola pedra.

Adossat als murs laterals trobem un banc de pedra. En el mur nord, trobem també un pilar rectangular, probablement servia de recolzament a un arc toral.

Com altres temples de la seva època, té una petita porta en el mur nord. També tenia portes obertes en els murs oest i sud, cosa que sorprèn en un edifici tan petit.