El lloc de Llofriu apareix documentat per primera vegada l'any 1062, quan era una possessió dels comtes de Barcelona-Girona, dins del terme del castell de Palacio Frugelli.

En 1196 el rei Alfons el Cast va deixar en el seu testament les viles de Palafrugell i Llofriu a l'ordre del Sant Sepulcre, amb la condició que aquesta donació es produís a la mort de Dalmau de Palol, que les tenia en feu.

L'església apareix per primera vegada en un document testamentari de l'any 1121. Dos segles més tard ja apareix com a sufragània de la parròquia de Palafrugell. En el segle XVII va recuperar la condició de parròquia.

En el segle XVIII es construeix un nou temple, eliminant gairebé per complert la petjada romànica. Només es conserven alguns carreus reaprofitats en la nova fàbrica.

L'altre element romànic que es conserva es part de l'antiga forja que decorava la porta original i que actualment ha estat recol·locada en la porta moderna.