El lloc de Bruguera apareix documentat per primera vegada l'any 901, tot i que el temple de Sant Feliu no apareix documentat fins l'any 1092, en el document testamentari de Bernat Joan d'Ogassa, senyor de Pena i de la Clusa.

El temple va ser modificat totalment en el segle XVIII. De l'edifici romànic només queden alguns fragments dels murs.

Les restes més importants les trobem en l'absis, sobrealçat posteriorment, i la base de la torre de campanar, adossada en el mur sud.

En la façana, completament reformada segons el gust barroc, encara es pot veure l'arc de mig punt de l'antiga portalada.