L'església de Sant Esteve de Calidis apareix citada per primera vegada en un document del 1053. Inicialment era una possessió del monestir de Sant Salvador de Breda, però en 1058 va ser restituïda per la comtessa Ermessenda al bisbe de Girona.

Malgrat les modificacions i els afegits posteriors, encara es conserva l'estructura original del segle XI amb planta basilical i tres naus, acabades en tres absis semicirculars. Les diferents campanyes d'excavacions arqueològiques realitzades a la zona han permès comprovar que es va construir sobre una edificació romana, probablement un temple.

L'absis central està decorat amb un fris d'arcuacions llombardes fetes amb un sol bloc de pedra. Aquests arcs estan acabats en petites mènsules. Una de cada tres d'aquestes mènsules està feta amb pedra volcànica negra, mentre que les altres dues són clares. També hi ha alternança de colors en el fris de dents de serra que hi ha just a sobre dels arcs cecs. En aquest cas s'alternen les pedres negres amb les d'un color terròs.

En l'absis s'obren dues finestres de mig punt i de doble esqueixada.

Trobem el mateix fris d'arcs cecs en els absis laterals, tot i que molt més erosionat. En la part central del tambor absidal s'obre una única finestra de doble esqueixada.

La nau central està coberta amb una volta apuntada, mentre que les laterals ho estan amb voltes d'aresta. Aquesta nau estava separada de les laterals mitjançant quatre arcs formers de mig punt. Entre els segles XVII i XVIII es van unir els dos arcs més propers al presbiteri, creant-ne un de sol de perfil rebaixat. L'arc del costat nord es va haver de reforçar amb una columna, el fust de la qual és d'origen romà.

Sobre el presbiteri de la nau nord es va construir una torre de campanar, poc temps després de finalitzar el temple. Té planta gairebé quadrada i dues grans finestres en cadascun dels costats del pis superior. Aquest està separat de la resta de la torre per una senzilla motllura. De les mateixes característiques és la motllura que hi ha just per sobre de les finestres.

En el segle XVII es va reformar el temple, afegint capelles laterals i construint una nova façana en el mur oest.

En l'ull de bou que hi ha sobre l'absis principal trobem esculpida la imatge d'un àngel. Per les seves característiques sembla ser un element reaprofitat i que probablement formava part d'una portalada.