Les primeres notícies del temple de Villademillio les trobem en una butlla de l'any 1017, escrita pel papa Benet VIII en que consta com a una possessió del monestir de Sant Esteve de Banyoles.

El temple actual correspon a una profunda reforma realitzada en el segle XVIII, tal i com consta en la llinda, on apareix la data de 1779. Té una sola nau amb dues capelles laterals a cada banda. La capçalera està formada per un  absis poligonal. Les restes medievals són visibles en les parts baixes dels murs laterals i el de ponent, on es troben filades uniformes de carreus ben escairats.