La primera parròquia de Sant Cebrià dels Alls apareix documentada en l'any 1064. Trenta anys més tard la comtessa Eremssenda va donar uns terrenys d'aquesta parròquia al monestir de Sant Feliu de Guíxols.

A partir del segle XV la població de la zona va anar disminuint. Tot i que durant els segles XVII i XVIII el massís de les Gavarres va gaudir d'una certa prosperitat degut a l'extracció de suro dels seus alzinars, l'arribada del segle XIX comportà l'abandonament de la majoria de parroquies. En 1829 el nucli de Sant Cebrià dels Alls va ser annexionat a Cruïlles i en 1955 el temple perdia la condició de parròquia. Des d'aleshores no ha tornat a celebrar-s'hi el culte religiós. Ja en el segle XX es va produir l'abandonament pràcticament total del poble. Durant aquest temps d'abandonament, el temple ha estat víctima d'espolis i de les inclemències meteorològiques. En 1992 Francesc Albardaner va comprar el temple al bisbat de Girona. Deu anys més tard el propietari va signar un conveni amb el Consorci de les Gavarres, mitjançant el qual cedia l'ús de l'església durant vint anys a canvi de que es restaurés. En el futur està previst instal·lar-hi un punt d'informació de les Gavarres.

Ens trobem davant un edifici romànic tardà, de finals del segle XII o del XIII, que va patir nombroses modificacions entre els segles XVII i XVIII.  Té una sola nau rectangular sense absis diferenciat i coberta amb una volta lleugerament apuntada.

Gràcies a les excavacions realitzades durant l'any 2007 en l'interior del temple, es va poder descobrir les antigues capçaleres romàniques i pre-romàniques.

L'absis del temple pre-romànic es va construir entre els segles VIII i IX. Tenia planta trapezoïdal i s'assentava directament sobre la roca.

Posteriorment i degut a les necessitats del culte per l'augment de la població va ser necessari construir un nou temple en el segle XI. D'aquest edifici només s'han pogut identificar els fonaments del  seu absis semicircular, ja que els murs laterals van ser destruïts gairebé en la seva totalitat quan es va ampliar novament el temple.

Entre els segles XVII i XVIII es va ampliar el temple amb la construcció de dues capelles laterals i una sagristia.

La porta d'accés, formada per un senzill arc adovellat, es troba en el mur sud, que estava coronat per un campanar de cadireta de dos ulls, que ja perdut els seus arcs.

En una segona fase de restauracions s'espera poder analitzar les restes pictòriques que es conserven, tot i que força malmeses per la humitat i les filtracions. Entre elles trobem una creu de consagració.

Adossat al temple pel costat oest trobem un gran casal, conegut com el castell de Camós.