Pont edificat probablement a finals del segle XI o principis del XII, tot i que la primera referència que en tenim data del segle XIII. Es tracta d'un privilegi de caça i pesca, atorgat per Pere Cervera de la casa de Bas a favor del priorat de Sant Joan les Fonts el 14 d'octubre de 1247.

Estava situat en l'antiga Via Annia, creada en època de l’Imperi Romà. Era un ramal de la Via Augusta, que des de Figueres es dirigia cap a la Vall de Bianya, creuant el Capsacosta en direcció cap a la Gàl·lia pel coll d'Ares. Durant l'edat mitjana Sant Joan les Fonts era una zona de pas entre els comtats de Besalú, Cerdanya i Berga, essent el pont sobre el riu Fluvià una peça important en aquestes rutes.

Els forts terratrèmols, que assolaren la comarca entre el 1427 i el 1428, afectaren de forma important l'estructura del pont, que va necessitar una reconstrucció.

Inicialment va ser concebut com a mínim amb cinc arcs, dos grans i tres de petits. Els primers van ser els que van patir més desperfectes en el segle XV i van ser substituïts per un únic arc de perfil apuntat, una mica irregular.