Els orígens del monestir els trobem en una església construïda en època visigoda en aquest indret i que estava dedicada a Sant Vicenç. Sembla ser que aquest temple va ser destruït pels sarraïns. El 20 de juny de l'any 807, el prevere Espanell, que era el propietari de l'església de Sant Vicenç i cinc companys més van fundar una comunitat monàstica. Sembla que la comunitat va adoptar la regla de Sant Fruitòs, tot i que en l'any 839 es passaren a la regla benedictina. Sembla que en aquest moment es va decidir canviar l'advocació del temple, passant a estar dedicat a la Mare de Déu. 

El monestir fa jugar un paper clau en la repoblació d'aquesta zona del Pallars, que havia estat alliberada dels sarraïns pels comtes de Tolosa. Ja en segle X els comtes de Pallars substitueixen als de Tolosa en el control de la zona, però continuen protegint i afavorint econòmicament al cenobi, com havien fet els seus predecessors. Aquesta relació va propiciar el creixement del monestir, però també la voluntat dels comtes de sotmetre'l a les seves voluntat, cosa que no acceptaren els monjos. Per aquest motiu van demanar ajuda a la Santa Seu, que en una butlla del papa Joan XII posava el cenobi sota la tutela directa de Roma l'any 966.

Si bé l'autoritat eclesiàstica va quedar ben definida en aquest document, no passà el mateix amb la civil. Les ingerències de la casa comtal en els afers de la comunitat van ser constants, fins al punt que en 1096 el comte va aconseguir posar Santa Maria de Gerri sota la tutela del monestir de Sant Víctor de Marsella. Si bé en els primers anys els abats de Gerri van ser triats des de Marsella, a partir de l'any 1164 tornen a ser els monjos pallaresos els que triaran el seu abat i de mica en mica s'anirà diluint aquesta relació de subordinació.

En 1149 es consagra una nova església en presència de d'arquebisbe de Tarragona i dels bisbes d'Urgell, Barcelona, Vic, Girona, Lleida i Saragossa. És la gran església, que malgrat les modificacions i afegits ha arribat fins als nostres dies.

A finals del segle XII el comtat del Pallars Jussà es converteix en una propietat de la Corona, que també afavorirà el cenobi amb bens i privilegis. Alfons I, per exemple, posarà el monestir sota la seva protecció i li concedirà salvaguarda reial.

Malgrat aquests privilegis, la comunitat no es va lliurar de les conseqüències dels enfrontaments bèl·lics que hi va haver a la zona. En 1274 el comte de Foix pren la vila de Gerri i s'hi estableix amb el seu exercit durant divuit mesos, ocupant el monestir com a caserna. L'objectiu dels comtes de Foix i del Pallars es preparar la revolta contra Jaume I.

Un segle més tard la invasió del monestir vindrà per part dels comtes de Comenge i de Foix. Un any abans, en 1297, el comtat de Pallars s'havia incorporat a la Corona i per aquest motiu Jaume II, mitjançant el vescomte de Cardona, intervindrà per resoldre l'ocupació. A partir d'aquest moment, la casa comtal de Barcelona intervindrà decisivament en el dia a dia de la comunitat.

A partir de la segona meitat del segle XIV el cenobi veu minvar les seves aportacions econòmiques i sovintegen les pretensions dels senyors del Pallars, com Hug I de Mataplana per fer-se amb patrimoni o drets del monestir.  En aquest cas, la intervenció reial frenà l'espoli i els greuges, però només per uns quants anys. El propi Hug i alguns dels seus descendents van mantenir nombrosos litigis amb el cenobi al llarg dels segles.

Dels darrers segles de vida monàstica no tenim massa informació. En 1821 els nombrosos bens del monestir van ser posats a subhasta per l'estat. En 1835 es produeix l'exclaustració i per tant la desaparició del monestir . Malgrat els esforços del rector de Gerri per salvar el màxim de patrimoni litúrgic i documents del cenobi, el saqueig fou inevitable. Entre els documents conservats trobem els coneguts com a "falsos de Gerri". Es tracta  de documents fets de manera fraudulenta amb la intenció de justificar la propietat de bens o indrets que el monestir reclamava com a seus, al·legant donacions fetes per Carlemany, o Ramon de Tolosa i Pallars entre d'altres.

Com ja hem comentat, el temple actual data del segle XII. Té planta basilical amb tres naus, capçades a l'est per tres absis semicirculars. El central i el del costat sud van quedar ocults per construccions barroques i malgrat que s'han eliminat alguns afegits, només podem veure la seva part superior.

Aquesta està decorada amb un fris d'arcs cecs, recolzats en mènsules que tenen esculpits caps humans i elements geomètrics i vegetals.

En el cas de l'absis central els arcs estan agrupats de tres en tres. La separació entre cada grup d'arcs es fa mitjançant un columna adossada, que té el capitell esculpit. Els dos que podem veure des del cementiri, situat al sud del temple, representen motius vegetals.

En el carcanyol existent entre els arcs veiem esculpits motius geomètrics de molt senzilla factura.

Entre el fris d'arcs cecs i la teulada, hi ha un fris de dents de serra molt restaurat.

Per la part interior, els dos absis laterals són llisos i s'obren directament a les naus laterals. El central, en canvi, està precedit d'un ampli presbiteri i està decorat amb ser arcuacions cegues, recolzades en altes columnes. Els seus capitells estan decorats bàsicament amb motius vegetals a base de fulles d'acant. Un d'ells, el segon des de la dreta, presenta decoració a base de sirenes de doble cua.

Novament trobem elements esculpits en els carcanyols, en aquest cas en relleu trobem diversos caps d'animals.

En la separació entre la volta i el tambor absidal trobem una motllura decorada amb un escacat a la part central i boles als laterals.

L'interior de l'absis principal estava il·luminat amb tres finestres fetes amb un doble arc de mig punt en gradació. La central i la del costat sud estan cegades.

Com hem comentat, l'església té tres naus. Aquestes estan cobertes amb voltes de canó la central i de quart de cercle les laterals. En tots tres casos, les voltes estan dividies en tres trams mitjançant arcs torals, que es recolzen semicolumnes adossades a pilars cruciformes.

També els arcs formers de mig punt, que separen les naus laterals de la central, es recolzen en semicolumnes adossades als pilars cruciformes.

Totes les columnes tenen capitells esculpits. Com en el cas de l'absis, la majoria són de temàtica vegetal. Entre la resta, n'hi ha dos on es representen animals fantàstics: sirenes de doble cua i grius. En un altre capitell veiem representats a dos àngels amb les ales obertes. La resta de capitells tenen representades lluites entre homes i feres.

La porta principal d'accés s'obre en el mur oest. Està formada per tres arquivoltes, envoltades per una motllura en forma de guardapols. La tercera arquivolta està decorada amb mitges boles.

L'arc interior es recolza en dues columnes amb els capitells esculpits. El de l'esquerra és vegetal, recordant els models corintis. El de la dreta té representat una figura humana en la l'aresta central, que està flanquejada per dos lleons (Samsó i els lleons?).

La portalada està protegida per un atri, format per tres trams, que es corresponen amb les tres naus i coberts amb voltes d'aresta.

Fins no fa masses anys els seus arcs de mig punt estaven tancats.

Malauradament, els capitells que veiem a l'atri estan molt deteriorats i en la majoria de casos resulta molt difícil entendre quins motius hi havia representats. En un dels capitells podem veure un personatge que toca un instrument en una de les cares laterals. A la cara central semblaria que s'hi va representar un home tocant el corn, que munta a cavall. A la tercera cara hi ha un home que sembla subjectar un ocell.

L'altre capitell historiat té presenta a dues figures humanes situades a banda i banda d'un arbres. Sense dubte ens trobem davant la representació d'Adam i Eva i el pecat original.

En la cara oposada del capitell veiem també dues figures humanes, però en aquest cas una d'elles agafa pel coll a l'altra i l'amenaça amb un ganivet o espasa. Tenint en compte que a l'altre extrem del capitell tenim el pecat original, podem pensar que aquí es va representar l'assassinat d'Abel pel seu germà Caín.

La part frontal del capitell està decorada amb dos personatges que estan de cacera disputant-se una llebre. Probablement representa a Caín i Abel caçant per "guanyar-se el pa".

Els altres dos capitells, encara més erosionats, eren de temàtica vegetal.

Per sobre de l'atri trobem una gran finestra, reconstruïda gairebé en la seva totalitat imitant els motius escultòrics en forma de bola que s'havien conservat en l'angle inferior esquerre. La flanquegen dos ulls de bou. Per sota de la finestra trobem un gran fris de dents de serra.

Corona la façana oest un campanar d'espadanya de tres pisos. Els dos inferiors tenen dues finestres, mentre que el superior només en té una. Totes elles tenen arcs apuntats i decorats amb motllures trilobades.

El temple està il·luminat per diverses finestres practicades en època moderna, però encara es conserven sense gaires modificacions dues finestres en el mur sud i tres en el nord, formades per un doble arc de mig punt en gradació. En el mur sud, la més occidental és de doble esqueixada.

A banda de la porta del mur oest, el temple en tenia dues més: una en el mur nord, que comunicava amb les dependències monacals i una altra en el mur sud, que comunica amb el cementiri. Aquesta darrera ha estat molt alterada i ha quedat oculta per nínxols moderns.

Si bé l'església s'ha conservat en bastant bon estat malgrat els afegits barrocs, les dependències monacals no han patit la mateixa sort i el claustre i altres estances situades al nord de l'església han desaparegut. Només es conserven els fonaments i petits fragments dels seus murs.

Malauradament les visites a l'interior del temple són molt limitades pel que fa a l'horari i la nostra visita no va coincidir amb l'hora de la visita. Per aquest motiu no us podem oferir cap imatge de l'interior. Esperem tenir més sort en la propera visita al Pallars Sobirà.