Santa Maria de Bernui apareix citada per primera vegada en els coneguts com a falsos VI, VIII i XI de Gerri. Es tracta  de documents fets de manera fraudulenta amb la intenció de justificar la propietat de bens o indrets que el monestir de Santa Maria de Gerri reclamava com a seus, al·legant donacions fetes per Carlemany, o Ramon de Tolosa i Pallars entre d'altres. Per això, la primera menció autèntica que tenim de l'església de Bernui data del 1105, quan el bisbe d'Urgell, Ot, restitueix alguns bens al monestir de Gerri de la Sal, que li havien estat usurpats i entre els que es trobava Santa Maria de Bernui. Així doncs, a partir d'aquest moment tenim constància de la dependència d'aquest temple al cenobi de Gerri, fins l'any 1874. Actualment depèn de la parròquia de Rialb. 

L'església del segle XI ha estat molt modificada. La capçalera original ha desaparegut, però es creu que es tractava d’un àbsis semicircular. Només es conserva part del mur nord i la seva façana sud, on hi havia originàriament la porta d’entrada al temple, avui tapiada. Estava formada per un arc de mig punt, adovellat i resseguit per un segon arc fet amb petites llosetes planes.

El campanar de cadireta amb dos ulls s'aixeca en el sector més occidental del mur sud.

Sota el campanar veiem una finestra esqueixada amb arc de mig punt de l'època original.

En l'interior del temple es conserva una talla de la Mare de Déu policromada romànica. En podeu veure una imatge a la web de Catalonia Sacra.