En 1068, Arsenda, que era la muller d'Arnau Mir de Tost, va fer una deixa a l'església de Santa Margarida en el seu testament, essent aquesta la primera vegada que trobem documentat aquest temple.

La fàbrica romànica va perdurar com a mínim fins a la meitat del segle XVIII. A partir d'aquest moment, no coneixem amb detall quan es va produir la reforma del temple, que va eliminar gairebé del tot l'empremta romànica.

Tampoc podem observar in situ un frontal d'altar de finals del segle XIII i que forma part de la col·lecció del Museu Nacional d'Art de Catalunya, tot i que en l'actualitat ja no està exposada al públic. En la part central veiem la imatge de la Maiestas Domini dins la màndorla, beneint amb la mà dreta i sostenint un llibre obert amb l'esquerra. Envolten a la imatge de Crist en Majestat les representacions del Tetramorf. La resta del frontal està dividit en quatre espais on s'allotgen els Apòstols en grups de tres.

Aquest frontal destaca per què està fet en un únic bloc de fusta, en el que es va buidar la part superior per esculpir-hi directament les imatges. No és un fet gaire habitual, doncs en la majoria d'ocasions la base i les figures es treballen per separat. Això hauria de ser més que suficient per a ser exposat permanentment.

Tampoc podem contemplar un fragment de baldaquí, que també es conserva en algun magatzem del MNAC. Es tracta d'una taula de fusta del segle XIII, on es representa al Crist en Majestat. Com en el cas del frontal d'altar, Crist està beneint-nos amb la mà dreta i sosté un llibre, en aquest cas tancat, amb l'esquerra.