El lloc de Pedra apareix documentat per primera vegada l’any 965 en el testament del comte Sunifred II de Cerdanya. L’església no apareix fins a finals del segle XII quan es saquejada i profanada pels càtars. El bisbe de la Seu va descriure aquest atac amb les següents paraules: “Varen esbotzar l’església de Pedra i dins hi preparaven llur menjar i hi feien foc i molts altres oprobis; pujaren a damunt del baldaquí posant els seus peus damunt dels braços de la creu; s’endugueren un llibre i vuit mesures de blat i farina que eren del capellà”.

En 1936, l’església va tornar a ser saquejada i incendiada. Això provocà l’ensorrament de la volta i del mur meridional. No va ser fins l’any 1983 que la Generalitat de Catalunya la va restaurar i un any més tard va ser declarada Monument Històrico-Artístic Nacional.

El temple té una nau de planta trapezial, que inicialment estava coberta amb una estructura de fusta. En el segle XII es va substituir la coberta per una volta de pedra, de perfil semicircular.

Per poder aguantar el pes d’aquesta volta es van reforçar els murs laterals del temple amb arcs formers. Malauradament, només conservem els del costat nord, doncs com ja hem comentat, el mur sud es va ensorrar juntament amb la volta. En la restauració es va optar per tornar a construir una coberta de fusta.

Coincidint amb la construcció de la volta de pedra, també es va modificar la capçalera, construint un absis semicircular amb dues absidioles semicirculars excavades en el mur a mode de creuer.

L'absidiola del costat sud va ser totalment reformada. La del costat nord, en canvi, conserva l’arcada pre-absidal apuntada i una finestra d’una sola esqueixada.

L’absis principal és llis, de planta semicircular. En la part central s’obre una finestra de mig punt i doble esqueixada, que per la part exterior presenta dos arcs en gradació de pedra tosca.

La porta d’accés actual s’obre en el mur oest, feta en època barroca.

Aquesta porta va substituir l’original que s’obria en el mur sud i de la que encara es conserven les seves dovelles, tornades a col·locar quan es va reconstruir el mur. Per la part exterior encara es conserva la primera dovella de l'esquerra in situ, doncs aquest fragment de mur no es va ensorrar, en la que hi ha gravada una creu.

Al damunt de la porta actual hi ha una finestra de mig punt  i una esqueixada, feta amb un arc monolític per la part exterior.

El mur oest està coronat per un campanar de cadireta de dos ulls, molt modificat al llarg dels segles.

En el memorial del bisbe de la Seu que hem comentat abans, on descrivia els desperfectes fets pels homes del vescomte de Castellbó i del comte de Foix, parla d’un baldaquí de fusta i una creu romànics. Malauradament ja no es conserven.

Si que podem trobar dins del temple el que semblen les restes d'una pila baptismal i una pica d'olis. Malauradament no hem trobat cap informació al voltant d'aquests elements.

Tampoc hem trobat cap dada sobre les esteles funeràries i possibles fragments de sepulcre que trobem distribuïts per la capçalera del temple.