L'església parroquial de Nepas va ser aixecada a finals del segle XII o principis del XIII. A finals del XV o inicis del XVI es reforma el temple, fent més alta la nau i cobrint-la amb voltes estrellades.

Està format per una sola nau, actualment dividida en quatre trams, capçada a l'est per un absis semicircular. Aquest està fet amb fileres de carreus ben tallats. El tambor absidal està dividit exteriorment en tres espais mitjançant dues columnes adossades.

Les columnes arriben fins la cornisa de la teulada, on trobem dos capitells de factura molt simple. El situat més al sud té esculpides unes boles en els angles. El del costat dret té esculpit un cap humà, una bola i un petit personatge que sosté entre les seves mans un objecte cilíndric.

Sota la teulada trobem mènsules esculpides on es recolza la cornisa. La seva temàtica sol ser de tipus geomètric. 

La porta d'accés es troba en el mur sud, flanquejada per dos grans contraforts d'època posterior.

Al seu damunt un teuladet recolzat en quatre erosionades mènsules. Una d'elles té un cap humà esculpit.

La porta està formada per tres arcs de mig punt en gradació. Els dos arcs exteriors descansen en dues parelles de columnes amb els seus capitells esculpits. Els del costat esquerre tenen esculpits dos quadrúpedes de llargues cames  enfrontats. Ens recorden molt als de la veïna portalada de Borjabad.

El mateix motiu trobem en el capitell exterior del costat dret. L'altre capitell té representats a dos personatges amb els braços en gerra i entre ells un cap d'una bèstia monstruosa d'orelles punxagudes.

En el mur sud podem veure els suports del que algun dia va ser un porxo i les mènsules que hi havia sota la cornisa romànica. En reformar la nau, es va augmentar l'alçada dels murs laterals, però es van mantenir les mènsules en el seu lloc.

Aquestes estan decorades amb boles i motius geomètrics.

En el mur nord podem veure les traces d'una porta de mig punt, avui cegada.

En el segle XVI s'enderroca el mur oest per allargar la nau vers ponent amb un nou tram. Sobre aquest es construeix una torre de campanar, en la que destaca la seva esvelta galeria del pis superior i una finestra conopial en el mur sud.

A finals del segle XVIII es reforma la capçalera, aixecant un cimbori sobre el presbiteri. D'aquesta manera es crea un fals creuer amb les dues capelles laterals construïdes en època gòtica i renaixentista.

En l'interior del temple, i buidat el seu interior per fer tasques de pica beneitera, trobem un capitell romànic. Degut a les seves dimensions, alguns autors creuen que podria formar part de l'arc triomfal. Està decorat amb motius vegetals, dracs i altres bèsties alades.

S'accedeix al recinte de l'església per una porta flanquejada pels escuts de Pedro González de Mendoza, bisbe de Sigüenza a finals del segle XV.