Als peus del castell de Santa Ana trobem les restes d'aquesta antiga església romànica.

De la seva història no en sabem gaires coses. Només ens ha arribat l'escrit en que el rei Alfons VIII va donar en 1178 aquest temple al monestir de San Juan de Burgos. També sabem que en 1399 es va reunir en el seu interior el capítol de la veïna església de Santa Maria i probablement ho va fer en més ocasions fins 1576.

De fet, es creu que l'església de San Pedro va ser la parròquia fins que es va començar a construir l'església gòtica de Santa María de la Asunción a principis del segle XIII.

L'església estava formada per una sola nau, capçada per un absis semicircular. Tots els murs estaven fets pedres irregulars unides amb morter, a excepció dels angles on es van utilitzar carreus ben escairats.

El tambor absidal està recorregut per una senzilla imposta, al damunt de la qual s'obre una finestra també molt simple i actualment cegada. També per sobre de la imposta trobem unes columnes adossades on probablement descansaven els nervis que sustentaven la volta de l'absis.

S'accedia al temple pel costat nord per una porta d'arc apuntat adovellat, protegit per un senzill guardapols.