El lloc de Bedenga apareix documentat per primera vegada l'any 881, en un judici per determinar si uns alous estaven dins la jurisdicció d'Ullà, que era del bisbat de Girona, o bé de Bellcaire, dels comtes d'Empúries.

Bellcaire va ser residència habitual dels comtes d'Empúries des de la fi del segle XIII. És en aquell moment que Ponç V va manar construir el castell, degut a les lluites i discòrdies entre el comte i el rei Jaume II, que a la seva vegada havia fet construir el castell de Torroella, dominant la serra del Montgrí i el d'Albons. El comtat d'Empúries va ser dels darrers en integrar-se a la Corona i dels més reticents.

Quan el comtat d'Empúries es va integrar al de Barcelona, aquest castell no passà a mans de la Corona, ja que formava part de la baronia de Verges. Aquesta era un domini dels vescomtes de Rocabertí i del seu llinatge des de 1418. Posteriorment va passar a mans dels Cardona, fins que finalment en 1587 la baronia va passar a formar part de la Corona.  Segons un document de l'any 1698, Bellcaire formava part de la batllia reial de Verges.

L'edifici va patir nombrosos desperfectes durant les guerres dels segles XV i XVI.

El castell de Bellcaire es troba actualment en restauració, per tal d'adaptar el seu interior als usos municipals com a seu del consistori i per reparar la teulada, que es trobava en molt mal estat. Aquests treballs haurien de finalitzar durant el primer trimestre de l'any 2012.  L'actuació que s'està realitzant consisteix en construir un pis més i modificar les estances interiors. Per tal de poder crear aquest nou pis és necessari pujar els mur de la façana principal un parell de pams, cosa que es farà amb pedres del mateix castell reutilitzades. Amb la construcció d'aquesta nova planta s'augmenta l'espai disponible per a l'ajuntament. Així, a la primera planta hi haurà les oficines, la secretaria i els serveis tècnics, i a la segona, l'alcaldia,  les regidories,  l'arxiu i el  magatzem. A la planta baixa es mantindrà la sala de plens.

Té planta quadrada, distribuint-se les estances al voltant d'un pati i es troba envoltat per un anell de muralles atalussades amb sis torres circulars. 

En l'angle sud-est trobem la millor conservada.

La sala major del castell es troba a la part més occidental. Va ser construïda en el segle XIV i en 1657 fou convertida en església parroquial de Bellcaire, en detriment de la de Sant Joan.

L'antiga capella del castell, dedicada a Santa Maria, està formada per una sola nau, capçada a l'est per un absis poligonal.

El castell serveix de decorat per a la representació teatral de l'obra "Bandera de Catalunya - La fi del comtat d'Empúries", que es realitza cada Divendres Sant amb la participació de veïns del poble.