Es tracta d'una de les edificacions pre-romàniques més importants del Baix Empordà, doncs s'ha conservat en força bon estat malgrat el pas dels anys.

Les notícies antigues d'aquest temple es confonen amb el veí de sant Feliu de Boada, doncs en molts documents només apareix el topònim. Aquest dubte ja el tenim en el document més antic que conservem, que data del 889 i és un precepte del rei Odó, on atorga unes possessions, entre elles Boada, al monestir de Sant Pau de Fontclara.

Ja en època medieval  van discernint-se amb més facilitat quins escrits parlen d'un temple i quins d'un altre. En 1131 el comte Ramon Berenguer III va donar-la a la seu de Girona en el seu testament.

Degut al poc nombre de parroquians que tenia, en 1638 va ser unida a la parròquia de Fontclara. Aquesta situació no va durar ni un segle, doncs en 1734 es va abandonar el culte pel mal estat de la construcció, que en 1835 va ser privatitzada i convertida en celler o estable. En 1931 va ser declarada monument nacional, però això no va impedir que s'hi continuessin desenvolupant tasques ramaderes en el seu interior, fins que finalment en 1958 va ser adquirida per la Diputació de Girona. L'any 1982 van iniciar-se les obres de restauració que li han donat l'aspecte actual. Destaca la poc encertada porta del costat sud. Per una banda s'ha posat una porta metàl·lica que desentona amb tot l'edifici i per altra banda, se li ha donat una forma d'arc de ferradura que es desconeix si originàriament el tenia, doncs la porta es va modificar al llarg dels segles.

El temple que podem contemplar va ser construït en dos moments diferents, com es posa de manifest en el mur de migdia, on podem observar on s'acabava el primitiu temple, edificat entre els segles IX i X. Probablement, ben aviat es va fer necessari ampliar el temple i es va construir el sector més occidental.

L'església té una sola nau dividida em dos trams separats per un arc toral de ferradura, construït durant l'ampliació del temple.

També és de ferradura l'arc triomfal que dóna pas a l'absis trapezoïdal. En aquest cas l'arc té un radi ultrapassat, però menys que el toral.

L'arc triomfal de l'absis té dues impostes, que estan decorades amb triangles invertits, coneguts com a dents de lleó.

En la part interior de l'arc es va practicar un gran encaix per ubicar-hi una biga amb cortinatges o un cancell, habitual en els temples visigots o mossàrabs i que permetia la separació entre la part divina i la part terrenal del temple.

L'eix de la nau està desviat cap al sud, com pot veure's en  l'absis. En la part central d'aquest s'obre una finestra allargassada i d'una sola esqueixada.

Les voltes de la nau i de l'absis són de mig punt ultrapassades. En alguns punts encara es conserva l'encanyissat.

En la volta de l'absis encara es conserven restes de pintura mural, datades en el segle XII i  malauradament en molt mal estat de conservació. Representen al Crist en Majestat envoltat pel Tetramorf.

De la imatge sedent de Jesús només es conserva la part inferior i el braç dret en actitud de benedicció. Del Tetramorf només s'ha conservat part del lleó i el nimbe de sant Lluc.

La resta de pintures de l'absis van ser arrencades i traslladades al Museu d'Art de Girona, on malauradament no s'exposen al públic. No entenem aquesta decisió, tenint en compte els pocs exemples de pintura romànica que s'exposen a les sales del museu.

En els fragments conservats al museu podem les pintures que hi havia en la volta i en el mur de tramuntana. Allí es poden veure les imatges dels dotze apòstols, asseguts en coixins i amb llibres a les mans. En un segon registre i emmarcades dins arcs de mig punt, es van representar les escenes del naixement de Crist i l'anunciació als pastors. El seu estat és molt fragmentari.

En el costat sud de l'absis es va representar l'Anunciació a Maria, i la Verge amb l'Infant envoltats per uns personatges.

En la resta de parets del temple es poden veure minses restes de policromia, que impedeixen la seva interpretació.

El terra conserva l'enllossat original amb peces rectangulars de pedra sorrenca.

El campanar, construït a partir de tres pilars es troba en la part de la capçalera.