El claustre és del segle XII i es va construir sobre un d'anterior, que estava format per arcades recolzades en pilars rectangulars. Cap a l'any 1190 va arribar un taller d'escultors procedents de la catedral de Girona, el claustre de la qual es va iniciar cap al 1180. És per això que tots dos guarden moltes similitud pel que fa als motius esculpits en els seus capitells.

Té planta quadrada. Cada galeria consta de quinze arcs sustentats en dotze parelles de columnes i pilars als extrems i cada cinc arcs.

Els murs exteriors estan recorreguts per un fris d'arcs cecs amb mènsules decorades amb caps d'animals.

Aquest fris ens recorda molt al que podem trobar a Sant Pere de Galligants de Girona. El pis superior es va construir al segle XVI i el fris en el que es sustentava la teulada, va quedar com un element merament decoratiu.

Les galeries nord, est i oest van ser esculpides en una primera fase, mentre que la galeria sud correspon a un segon moment constructiu. Els capitells estan esculpits amb pedra de Montjuïc (a Barcelona), mentre que les columnes són fetes amb pedra de Girona. Els motius amb que estan decorats són vegetals, animals i històries bíbliques.

A la galeria oest podem trobar alguns personatges lluitant entre ells o contra animals fantàstic. També apareixen representades feines domèstiques de la època, així com la paràbola del pobre Llàtzer i el ric Epuló.

En el costat est hi trobem el cicle de la infància de Jesús. També es poden veure imatges de guerrers armats i de joglars. Per la seva banda a la galeria nord també apareixen imatges de lluita entre homes i animals, de cacera, o de la vida quotidiana monacal.

En aquest primer tram de construcció del claustre hi va treballar el mestre Arnau Cadell. Això ho sabem gràcies a que va esculpir el seu nom en un dels pilars i es va retratar en un capitell. Podem veure un escultor tallant un capitell corinti al seu costat un segon personatge amb vestimenta monacal i una copa. Cap dels dos ha conserva el cap.

També podem veure un capitell amb uns cavallers que porten escut. En un d'ells es va gravar la figura d'un gos, que molta gent interpreta com un gest de l'escultor per fer homenatge al seu cognom (Arnau Cadell).

L'ala sud del claustre es va construir una mica més tard i es on podem trobar el major nombre de capitells historiats. Ens narren històries bíbliques com la de Daniel lluitant amb els lleons, el cicle d'Adam i Eva, el de Noé i el d'Abraham. També podem veure la matança dels innocent, la fugida d'Egipte, la multiplicació dels pans i els peixos, l'entrada a Jerusalem o la resurrecció de Crist, el baptisme dels apòstols o el dubte de Sant Tomàs, entre d'altres.

En el mur nord trobem les restes de les construccions monàstiques del segle XI. Es tracta de vuit finestres de mig punt i de doble esqueixada, en les que encara es poden veure les empremtes de l'encofrat d'encanyissat dels arcs.  Algunes d'elles conservaven parts de la gelosia de guix amb que estaven tancades i que van servir de model per reproduir-les a totes les finestres. Es creu que l'estança que il·luminen aquestes finestres era l'antic refetor del segle XI. Algunes fonts afirmen que aquest mur ja formava part de les construccions del segle IX.

En el costat oposat trobem la porta que comunica el claustre amb l'església.

Va ser construïda en el segle XIII, per substituir una d'anterior, més senzilla. La finesa del seu treball denota el moment final del romànic i l'arribada del gòtic. Manté l'estructura romànica amb arcs de mig punt en gradació, recolzats en dos parells de columnes i pilastres.

Els arcs que es recolzen en capitells estan decorats amb motius vegetals, de clara influència gòtica. La resta d'arcs estan decorats en petites incisions a mode de bossell. Els capitells, l'àbac i el guardapols estan decorats també amb motius vegetals.

En l'ala de llevant trobem l'antiga sala capitular. Va ser construïda en el segle XIII, ja en estil gòtic.

En el segle XVIII va ser reconvertida en la capella del Santíssim.

Està formada per una sala quadrada, coberta amb una volta d'arestes recolzada en quatre mènsules.

En el mur est s'obre un petit absis quadrat, cobert amb una volta de creueria simple.

S'accedeix a ella per una porta de mig punt, decorada amb una arquivolta recolzada en dos columnes per tots dos costats. Els seus capitells són de tipus vegetal.

Flanquegen la porta, dos finestres apuntades amb decoració gòtica.

En la segona meitat del segle XVI es va construir la segona planta del claustre.

Les noves galeries estan formades per arcs de mig punt, recolzats en columnes simples i força esveltes d'influència italiana.  Durant molts anys, en aquest espai es va allotjar el servei de restauració de bens i immobles de la Generalitat de Catalunya, per aquest motiu les galeries van ser tancades amb vidrieres.

Degut a la construcció d'aquest segon pis, les finestres del mur nord de l'església van quedar integrades en la galeria del claustre, perdent així gran part de la seva capacitat d'il·luminar el temple.